Mengintegrasikan pengajaran sains dan teknologi kontemporer dengan pendidikan nilai keislaman berbasis pesantren. Berlokasi di Kanigoro, Bleberan, Jatirejo, Mojokerto, Jawa Timur, Pesantren Teknologi Majapahit mengembangkan konsep pembelajaran integral berbasis wahyu (revelation) dengan nilai-nilai keislaman sebagai cara pandang (worldview) bagi sains dan teknologi kontemporer.
Aspek kemanusiaan (human aspect) dari teknologi mendasari pemikiran tentang konsep pembelajaran integral di Pesantren Teknologi Majapahit, yang tidak sekedar mengajarkan nilai keislaman dan teknologi kepada santri secara terpisah, namun lebih dari itu, konsep ini membudayakan nilai keislaman dan teknologi ke dalam kehidupan keseharian santri. Pengajaran teknologi kepada santri diarahkan kepada pemenuhan nilai-nilai sosial (social values), seperti pengembangan sains-teknologi dan aplikasinya bagi keumatan dan kemanusiaan.
Program pembelajaran santri selama 6 tahun di level menengah (SMP dan SMA) dijalankan dalam berbagai format, antara lain: kelas terbatas, tutorial, praktik laboratorium, seminar, serta lokakarya yang di pandu oleh para pengajar yang berkompeten di bidangnya, baik secara teoritis maupun praktikal.